为了避免狭隘民族主义情绪影响未来的研究工作，需要先在**注册一家华中工业机械公司，由莉啊丝控股，聘华人买办为经理。
由华人经理出面，来和学校商谈组建研究室的事宜。对于这个举措，张之洞的态度是乐观其成、静观其变。孙元起则认为，只要他不反对，那就是肯定。
在孙元起的斡旋下，实验室在光绪三十二年（1908）九月在湖北工艺学堂內成立，研究人员除了学堂汽机、车
等科目的⾼年级生学，还包括经世大学刚毕业的几位生学。协议规定，公司负责采买设备和仪器，学堂负责研发。研究出结果后，公司出资一次
买断专利权和使用权。筹建实验室的同时，孙元起他也没有放松对师范学校改⾰的积极关注。
接到学部的批复后，他迅速组织刘师培、杨度、潘咸等人在內的师资考察组，先对各师范院校的老师进行筛选，把那些昏聩迂腐不更时变的老古董、胡言
语大放厥词的洋教习全部扫地出门，换上有文化有素质的新老师。经过这一轮整顿，学校面貌为之一新。随后，孙元起、刘师培等人又会同各科老师出题，考核所有在校生学，
据成绩优劣，重新划分年级，再据爱好和特长分出专业。师范学校老师多，生学更多，这一番腾折，⾜⾜花费了近两个月时间。新官上任三把火，孙元起这把火不仅烧得生学们哭爹喊娘，原先的老师也是怨声载道。作为罪魁祸首，自己同样被腾折得形销骨立：能进学堂当老师的老迂腐，至少都是举人，⾝后少不了这样的同年、那样的朋友，一被裁员，立马有无数亲朋好友上门求情说项，希望网开一面：能进学堂又不好好学习的后进学子，多半是官宦弟子，就等着拿资历去混官途，好不容易熬到快毕业，结果突然被降成一年级，二十大几岁又要从头学起，还时刻有被劝退的可能，你让那群纨绔情何以堪？
好在清末讲究尊卑有序ˇ命如山，生学们只敢嘴上哭喊几声，还真没人敢去总督府衙门口去坐静：孙元起的靠山也够硬，被辞退的老师没人去告黑状”绊子。
到了九月底，孙元起最后一次来到两湖总师范学堂门口的那个小菜馆，给李仲搔等几个生学们讲述物理，又告诉他们一些关于学习物理的方法技巧。临末了才说道：“听说，你们学堂已经改⾰完毕，换上了新的物理、化学老师，想来他们说得会比我好许多，你们跟着老师好好学习就可以。我还有事，以后就不来了。”
生学早先听孙元起的口风，已经知道他最近会和大家说再见，如今忽然听见，仍觉得颇为伤感：“任兄，你这就要走么？”
“是啊！千里搭长棚，没有不散的宴席。我在这里也盘桓了数月，应该走了！“和这群生学前后见面之后只有六七次，现在说要分别，孙元起依然觉得有些不舍。
李仲搔问道：“任兄，你以前不说来湖北是考我们学堂的么？这段时间，我们学堂没有招生，是因为提学使孙大人正在整顿教务，所以耽搁了。不过不要紧，孙大人是际国上有名的大科学家¨教育家，他的改⾰只会让学校变得比以前更好，我们大家都很期待呢！为何你现在反而说要离去？”
孙元起如今已是而立之年，但面相显得很年青，尤其是在清末这个大环境里，别人顶多认为他二十四五岁。二十四五岁考学堂，在这个时候是一件再正常不过的事情。所以这群生学对孙元起编造的理由笃信不疑。
“是啊∏啊！任兄你的英语、物理、化学↓学都这么好，随便辅导几回，我们就能在学堂试考位列前茅，如果你考我们学堂，一定没问题的！“其他生学也应和道。
孙元起摆摆手：“我还有别的事，就不打算考学堂了。只是这次师范学堂改⾰，你们真心觉得如何？”
“很好呀，我们都很支持改⾰呢。”其中一位叫董贤综的生学说道“现在的学堂，才真是学婆。以前的学堂就是放牛班！“
“改⾰之后，老师更好！大家更想学习！最近，大家嘴里最常念叨一句诗就是“提学来，十字街头无秀才：提学去，満城群彦尽沉醉”哈哈哈。”
“据说新老师是孙大人从经世大学请来的，连工艺学堂的老师都一块儿换了！“
听了生学们七嘴八⾆的议论，孙元起觉得此次改⾰的精力没有⽩费，大为欣慰：“既然这样，大家要更加努力地学校，争取学业早⽇有成。”
李仲搔见孙元起去意已决，便问：“不知任兄此次一别，何⽇才能再见？”
“这可说不好。如果大家有缘，相信还会再碰面的。”孙元起答道“对了，未来你们学成之后，都有何打算？”
几位生学对视一眼，才由李仲搔说道：“我们要用自己所学，去构建一个自由、主民、平等、博爱之新华中。”说罢，双目紧盯孙元起。
孙元起素知湖北在张之洞的积极推动下，社会风气开化，以至于编练的新军、学堂的新生学成为后来辛亥的主力军。听闻李仲搔所言，自然丝毫不觉吃惊，只是点点头：这小子和其他新生学没啥两样，脑袋后边都有反骨。
见孙元起脸⾊没有丝毫异常，董贤棕又补充道：“我们应该为国为民，反*、求主民，反封建、求民权！“
不就是要造反么？
孙元起心中了然，当平点点头“嗯“了一声。
其余几个生学见孙元起如此，仿佛找到知音，接着齐声说道：“我们要驱除鞑虏，恢复华中！“
话音刚落，包厢的门帘被人耝暴地掀开，闯进一个⾐装不整、満脸横⾁的家伙：“几个小兔崽子居然敢造反？跟爷见官去！“说着就要上来抓人。
董贤综有些吃惊，连忙站起⾝，喝问道：“你⼲什么的？”
“爷是武昌县衙！“那人一脸匪气“识相的，赶紧乖乖地跟爷去衙门。否则，哼哼！“
孙元起这时候转过脸，冷冷地看了一眼这个半官半匪的流氓，沉声斥道：“出去！“
所谓“居移气，养移体“孙元起为官多少有段⽇子，这么一呵斥，那人果然胆怯。再看屋里还有五六个小年轻，大有捋袖子过来群殴的架势，吓得连忙灰溜溜地逃走了。见此情形，诸人齐声大笑。
李仲搔怕孙元起担心，还解释道：“任兄不必担心，董兄可是有秀才功名的，便是武昌县令来了，也不能拿我们怎么样！“
“不错，只有提学使才能⾰除秀才功名，他们不能对我们怎么样！再说，我们在提学使司衙门里也有人，才不用怕他们呢！“另外一人补充道。
孙元起大惊：自己衙门里居然也有
的钉子？当下便问：“你们如何会在学使司衙门里也有人？”李仲搔道：“好教任兄知道，我们有个小团体，唤作⽇知会，会员个个都是些志士，遍布湖北军、政、学各界。如果您有趣兴，改⽇可到⾼家巷的圣约瑟堂內寻我们！“
几个人又大致介绍了一下⽇知会的情况，诸人正准备起⾝离去，就听见门外一阵
飞狗跳。没来得及出门看，包厢里就涌进了七八个抬
舞刀的混混，齐声喝道：“不要走了反贼！
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